1、过滤精度不同

反渗透可以脱除最小的溶质，分子量小于0.0001微米，由于高的过滤精度，可以滤除水中的细菌和各种杂质，一般用于家庭纯净水、工业超纯水和医疗超纯水的制造。纳滤可脱除分子量在0.001微米左右的溶质，用于过滤精度要求稍低的环境，一般用于水软化、微污染脱盐和工业纯水的制造。

2、脱盐率不同

反渗透技术的脱盐率在99.5% ，能有效截流所有溶解盐份及各种分子量大于＞100的有机物，同时允许小分子团通过。纳滤系统采用的是错流过滤的方式，脱盐率在80到90%之间，主要应用于大分子物质的浓缩和纯化。

3、产生的“废水”比例不同

反渗透和纳滤都是通过加压、加电的方式净化水，但反渗透技术由于膜的构成不同，反渗透产生的废水在1:2—1:3，纳滤的废水比在1:1，以省水和环保方面来说，反渗透技术更加耗费资源，纳滤技术相比具有部分去除单价离子、过程渗透压低、操作压力低、省能等优点。